于是一个免疫学的新理论克隆选择学说（cloneselectiontheory）于1958年由澳大利亚学者F.Burnet提出。该学说认为：体内存在识别各种抗原的免疫细胞克隆；抗原通过细胞受体选择相应的克隆重并使之活化和增殖，变成抗体产生细胞和免疫记忆细胞；胚胎时期与抗原接触的免疫细胞可被破坏或抑制，ELISA试剂盒称为禁忌细胞株（forbiddenclone）；部分免疫细胞可因突变而与自身抗原起反应。这个理论虽不十分完善，但解释了大部分免疫现象，为多数学者所接受并被后来的实验所证明，可以说是一个划时代的免疫学理论。
嗣后，细胞免疫以一个崭新的面貌再度兴起。1956年B.Glick发现了腔上囊的作用，1961年J.Miller发现了胸腺的功能，1966年H.Claman等人区分出B细胞与T细胞，并且发现了它们的免疫协同作用，以后又相继发现了T细胞中不同的亚群及其鉴定方法，ELISA试剂盒以及免疫细胞间朴素作用的机制和主要组织相容性复合体限制性。
同时，体液免疫继续向纵深发展。自40年代初确认抗体是血清丙种球蛋白之后，1950年R.Porter用蛋白酶水解获得了抗体的片段，G.Edelman用化学断裂法得到了抗体的多肽链，共同证明了抗体的分子结构；60年代统一了免疫球蛋白的分类和名称；1957年G.Kǒhler和C.Milstein等人用B细胞杂交瘤技术制备出单克隆抗体；1978年S.Tonegawa发现了免疫球蛋白的基因重排。
80年代以来，众多的细胞因子相继被发现。ELISA试剂盒对它们的受体、基因及其生物活性的研究促进了分子免疫学的蓬勃发展，有人称之为“分子免疫学时期"，但从理论上并未突破克隆重选择学说，只是从技术手段上把免疫学研究推向一个新水平。
